一般社団日本バプテスト宣教団は、地域ごとにいくつかのチームに分かれて活動しております。現在では、札幌（2022.4月〜）、仙台、前橋、高崎、東京、横浜、川崎、名古屋、大阪、神戸、西宮、福岡等に活動拠点を置いています。

英語による聖書研究、料理、文化交流などを行う中で、地域との交わりを深めながら活動しています。また、ホームレスの人々への食料支援、就職支援、高齢者や障がい者の施設訪問、子供や学生を対象とする国際交流活動、コンサートも行います。近年までは、東日本大震災の被災者に物心両面での支援を行っておりました。

また、国外の災害支援や貧困問題、環境問題にも取り組み、支援を行っております。

このような活動を通して、日本におけるキリスト教バプテスト教派への理解の浸透を図っております。